สช. ตั้งขึ้นเมื่อวันที่ ๓ มีนาคม พ.ศ.๒๕๕๐ ตาม พ.ร.บ.สุขภาพแห่งชาติ พ.ศ. ๒๕๕๐ เพื่อทำหน้าที่ เป็นองค์กรเลขานุการให้กับคณะกรรมการสุขภาพแห่งชาติ (คสช.) สช. เป็นองค์กรของรัฐในรูปแบบใหม่ อยู่ในกำกับนายกรัฐมนตรี โดยมีคณะกรรมการบริหาร (คบ.) ที่แต่งตั้งโดย คสช. ทำหน้าที่กำหนดนโยบายและกำกับการทำงานของ สช.โดยตรง สช.ทำหน้าที่เป็นกลไก ให้ คสช. เพื่อบรรลุภารกิจตาม พ.ร.บ.สุขภาพแห่งชาติ

ตราสัญญลักษณ์ของสำนักงานคณะกรรมการสุขภาพแห่งชาติ
  ตัวอักษร ส และ ช - แทนชื่อย่อขององค์กร ที่ผ่านมาหลายๆ ปี ตัวอักษร ส และ ช จะมีรูปร่างหน้าตาเป็นสีบางๆ ซ่อนอยู่เบื้องหลัง ซึ่ง ณ ปี 2560 มาบรรจบครบรอบ 10 ปี ตัวอักษร ส และ ช ได้มีความเด่นชัด ชัดเจน เพราะองค์กร สช. จะไม่ซ่อนตัว เพราะบทบาทหน้าที่ของ สช. คือ สร้างสรรค์นโยบายสาธารณะให้กับประเทศ
  สามขา - โลโก้ (เมื่อปี 52-59) ขาของโลโก้จะแยกจากกัน เป็น 3 ขา และมีความหมายว่า สามภาคส่วน (ภาควิชาการ/วิชาชีพ ภาครัฐ/การเมือง ภาคประชาสังคม) ซึ่งมาในปี 2560 มีความหมาย 2 ลักษณะ

ก่อนที่ สช. จะถือกำเนิดขึ้น สำนักงานปฏิรูประบบสุขภาพแห่งชาติ(สปรส.) ได้ขับเคลื่อนงานปฏิรูประบบสุขภาพแห่งชาติ โดยใช้การจัดทำ พ.ร.บ.สุขภาพแห่งชาติ เป็น“เป้าหมายเชิงรูปธรรม” ดึงเอาภาคส่วนต่างๆ เข้ามาร่วมทำงาน ร่วมเรียนรู้และปรับเปลี่ยนกระบวนทัศน์ใหม่เรื่องสุขภาพมาตั้งแต่ ปี พ.ศ. ๒๕๔๓