ก่อนที่ สช. จะถือกำเนิดขึ้น สำนักงานปฏิรูประบบสุขภาพแห่งชาติ(สปรส.) ได้ขับเคลื่อนงานปฏิรูประบบสุขภาพแห่งชาติ โดยใช้การจัดทำ พ.ร.บ.สุขภาพแห่งชาติ เป็น“เป้าหมายเชิงรูปธรรม” ดึงเอาภาคส่วนต่างๆ เข้ามาร่วมทำงาน ร่วมเรียนรู้และปรับเปลี่ยนกระบวนทัศน์ใหม่เรื่องสุขภาพมาตั้งแต่ ปี พ.ศ. ๒๕๔๓

สช. คือ ประวัติศาสตร์หน้าใหม่ของการปฏิรูประบบสุขภาพแห่งชาติ (สปรส.) เมื่อการจัดทำ พ.ร.บ.สุขภาพแห่งชาติประสบผลสำเร็จ มีผลบังคับใช้หลังลงการประกาศในราชกิจจานุเบกษาเมื่อวันที่ ๑๙ มีนาคม ๒๕๕๐ ส่งผลให้องค์กรที่ดำเนินการเรื่องนี้ต้องเปลี่ยนผ่านจากความเป็น สปรส. มาเป็น สช. นับตั้งแต่นั้น ตามที่ได้บัญญัติไว้ในบทเฉพาะกาลของ พ.ร.บ.สุขภาพแห่งชาติ พ.ศ.2550 ว่า
“ให้โอนบรรดากิจการ ทรัพย์สิน หนี้สิน และเงินงบประมาณของสถาบันวิจัยระบบสาธารณสุขในส่วนของสำนักงานปฏิรูประบบสุขภาพแห่งชาติไปเป็นของสำนักงานตามพระราชบัญญัตินี้”