1. แผนงานพัฒนากลไกและกระบวนการจัดทำธรรมนูญว่าด้วยระบบสุขภาพแห่งชาติ และนโยบายและยุทธศาสตร์ด้านสุขภาพ

เพื่อรองรับการดำเนินงานตามหน้าที่และอำนาจของ คสช. มาตรา 25(1) 25(2) 25(4) และ 46-48 ให้มีระบบและกระบวนการที่มีประสิทธิภาพและต่อเนื่องในการจัดทำธรรมนูญว่าด้วยระบบสุขภาพแห่งชาติและส่งเสริมสนับสนุนการพัฒนานโยบายและยุทธศาสตร์ด้านสุขภาพอย่างต่อเนื่อง และมีส่วนร่วมจากทุกฝ่ายเพื่อเป็นข้อเสนอแนะต่อคณะรัฐมนตรี รวมถึงติดตามผลและเผยแพร่ต่อสาธารณะ

2. แผนงานพัฒนากลไกและกระบวนการประเมินผลเกี่ยวกับระบบสุขภาพและการประเมินผลกระทบด้านสุขภาพจากนโยบายสาธารณะ

เพื่อรองรับการดำเนินงานตามหน้าที่และอำนาจของ คสช. มาตรา 10 11
25 (5) และ 27(3) ให้มีระบบและกระบวนการการกำหนดหลักเกณฑ์และวิธีการ ตลอดจนหนุนเสริมให้เกิดการติดตามและประเมินผลระบบสุขภาพแห่งชาติ และการประเมินผลกระทบด้านสุขภาพที่เกิดจากนโยบายสาธารณะ ทั้งระดับนโยบายและระดับปฏิบัติการ

3. แผนงานพัฒนากลไกและกระบวนการสมัชชาสุขภาพ

เพื่อรองรับการดำเนินงานตามหน้าที่และอำนาจของ คสช. มาตรา 15(2) และ 40-44 ให้มีระบบและกระบวนการสนับสนุนการจัดสมัชชาสุขภาพเฉพาะพื้นที่และสมัชชาสุขภาพเฉพาะประเด็น และให้มีการจัดสมัชชาสุขภาพแห่งชาติอย่างมีประสิทธิภาพและต่อเนื่อง

4. แผนงานพัฒนาการดำเนินงานของ คสช. และ สช.

เพื่อรองรับการดำเนินงานของ คสช. และ สช. เพื่อให้เกิดการทำงานอย่างเป็นธรรมาภิบาล และมีประสิทธิภาพ

5. แผนงานพัฒนาระบบสนับสนุนการดำเนินงานตาม พ.ร.บ.สุขภาพแห่งชาติ
พ.ศ.2550

เพื่อสนับสนุนการดำเนินงานตาม พ.ร.บ. สุขภาพแห่งชาติ พ.ศ.2550 ทั้งฉบับ ให้เกิดความคล่องตัวในดำเนินงานสร้างเครือข่ายเชื่อมโยงกับองค์กรภาคี และเครือข่ายต่างๆ ทั้งระดับในประเทศและนานาชาติ สื่อสารกับสาธารณะให้เข้าถึงแนวคิดใหม่ทางสุขภาพ รวมถึงการส่งเสริมสนับสนุนและเอื้ออำนวยให้เกิดการใช้สิทธิและทำหน้าที่ตามมาตรา 5-12 ของ พ.ร.บ.สุขภาพแห่งชาติ พ.ศ.2550